La evidencia de presencia humana más antigua hallada en los Balcanes se encuentra en la caverna de Petralona, en la península Calcídica, donde se halló un cráneo conocido como hombre de Petralona, cuya datación es discutida. Dentro del territorio griego existen vestigios de asentamientos de las tres etapas de la Edad de Piedra —paleolítico, mesolítico y neolítico—; algunos sitios, como la cueva Franchthi estuvieron ocupados durante estos tres periodos. Dado que el país se ubica en la ruta por la cual la agricultura se expandió desde el Cercano Oriente hacia Europa,los asentamientos neolíticos en Grecia son los más antiguos en el continente, pues datan del séptimo milenio a. C.
En el actual territorio griego surgieron las primeras civilizaciones de Europa, por lo que se considera el lugar de nacimiento de la civilización occidental.Las primeras en aparecer fueron la civilización cicládica en las islas del mar Egeo (alrededor del 3200 a. C.);la civilización minoica en Creta (2700–1500 a. C.)y la civilización micénica en el continente (1900–1100 a. C.).
